神は万国万民のうちからキリストに在って聖意(みこころ)に適う者等を召して、これを聖別し、恩寵(ちょう)と真理とをあらわして、聖霊による交わりに与らしめたもう。これがすなわち聖なる公同教会である。
この教会は見えない教会として存在するとともに、また見える教会として現存し、主イエス・キリストをその隅の首石(おやいし)とし、使徒と預言者との基の上に建てられ、代々(よよ)主の恩寵(ちょう)と真理とを継承して、福音を宣(の)べ伝え、聖礼典を守って、主の来りたもうことを待ち望み、その聖旨(みむね)を成しとげることを志すものである。
わが国における30余派の福音主義教会およびその他の伝統をもつ教会は、それぞれ分立して存在していたが、1941年（昭和16年）6月24日くすしき摂理のもとに御霊(みたま)のたもう一致によって、おのおのその歴史的特質を尊重しつつ聖なる公同教会の交わりに入るに至った。かくして成立したのが日本基督教団である。
第1条 本教団はイエス・キリストを首(かしら)と仰ぐ公同教会であって、本教団の定める信仰告白を奉じ、教憲および教規の定めるところにしたがって、主の体たる公同教会の権能を行使し、その存立の使命を達成することをもって本旨とする。
第2条 本教団の信仰告白は、旧新約聖書に基づき、基本信条および福音的信仰告白に準拠して、1954年（昭和29年）10月26日第8回教団総会において制定されたものである。
第3条 削除
第4条 本教団は教憲および教規の定めるところにしたがって、会議制によりその政治を行う。
第5条 本教団は教団総会をもってその最高の政治機関とする。
本教団の教会的機能および教務は教団総会の決議ならびに教憲および教規の定めるところにしたがって、教団総会議長がこれを総括する。
第6条 本教団はその教会的機能および教務を遂行するために教区を置く。教区は教団所属教会の地域的共同体であって、教区総会をもってその最高の政治機関とする。前々項の教会的機能および教務は教区総会の決議ならびに教憲および教規の定めるところにしたがって、教区総会議長がこれを総括する。
第7条 本教団の所属教会は、本教団の信仰告白を奉じる者の団体であって、教会総会をもってその最高の政治機関とする。
教会の教会的機能および教務は教会総会の決議ならびに教憲および教規の定めるところにしたがって教会総会議長がこれを総括する。
教会総会の議長は教会担任教師がこれにあたる。
第8条 教会は主の日毎に礼拝を守り、時を定めて聖礼典を執行する。
礼拝は讃美・聖書朗読・説教・祈祷および献金等とする。
聖礼典はバプテスマおよび聖さん餐であって、按手礼を領した教師がこれをつかさどる。
第9条 本教団の教師は、神に召され正規の手続きを経て献身した者とする。教師はこれをわけて、正教師および補教師とする。正教師は按手礼を領した者、補教師は伝道の准允(いん)を受けた者とする。
第10条 本教団の信徒は、バプテスマを受けて教会に加えられた者とする。
第10条の2 本教団の教会役員は、教会総会において選ばれた者とする。
第11条 本教憲を施行するに必要な規定は、教規によってこれを定める。
前項の教規は教団総会において、出席議員3分の２以上の同意をもってこれを定めるものとする。

補則

第12条 本教憲は、教団総会開会３箇月前に議案を公表し、教団総会において議員総数の３分の２以上が出席し、出席議員の３分の２以上の同意を得なければ、これを変更することができない。
1946年10月16日　第4回教団総会制定
1948年10月28日　第5回教団総会変更
1956年10月24日　第9回教団総会変更
1962年10月25日　第12回教団総会変更
1994年11月17日　第29回教団総会変更